Description du test
Le séquençage de l’exome est une analyse génétique permettant d’étudier les régions codantes des gènes, qui constituent une part importante des régions du génome susceptibles de contenir des variations responsables de maladies génétiques.
Dans le cadre d’un examen réalisé chez un patient seul (cas index), les régions codantes ainsi que les principaux sites d’épissage d’environ 20 000 gènes codant pour des protéines sont séquencés simultanément. Les données obtenues sont ensuite traitées et analysées à l’aide d’outils bioinformatiques afin d’identifier les variations génétiques susceptibles d’être associées aux caractéristiques cliniques du patient.
L’interprétation des résultats est orientée par les informations cliniques et médicales transmises lors de la prescription. L’analyse porte en particulier sur les gènes présentant un intérêt au regard du tableau clinique et de la pathologie recherchée.
Les variants identifiés sont évalués à partir des connaissances scientifiques et médicales disponibles. Les variants considérés comme pathogènes ou probablement pathogènes et pouvant expliquer les manifestations cliniques du patient peuvent être retenus dans le compte rendu.
Indications
- Suspicion d’une maladie monogénique, notamment lorsque plusieurs gènes sont susceptibles d’être responsables d’un même tableau clinique.
- Pathologie complexe ou inexpliquée pour laquelle les investigations réalisées précédemment n’ont pas permis d’établir une cause génétique.
Cette approche peut être utilisée dans différentes spécialités médicales. Le rendement diagnostique, correspondant à la proportion de cas pour lesquels une cause moléculaire peut être identifiée, est estimé en moyenne entre 25 et 30 %. Cette valeur peut toutefois varier selon la maladie étudiée, les caractéristiques cliniques du patient et les critères d’analyse retenus.
Spécifications techniques
L’analyse permet notamment d’identifier les variants nucléotidiques simples (SNV), ainsi que les petites insertions et délétions (indels) inférieures à 30 pb. Certains variants somatiques en mosaïque peuvent également être détectés lorsqu’ils sont présents à une fréquence supérieure à 20 %.
Les variations du nombre de copies (CNV) peuvent, dans certaines conditions, être mises en évidence lorsqu’elles concernent plus de 3 exons consécutifs. Environ 97 % des nucléotides des gènes d’intérêt présentent une couverture d’au moins 20x.
Les variants présentant un intérêt diagnostique peuvent être confirmés par une technique complémentaire, telle que le séquençage Sanger, la MLPA ou l’array-CGH, selon la nature de la variation recherchée.
Échantillon
Prélèvement de 4 à 6 ml de sang sur tube EDTA, non centrifugé.
Délai d’analyse
Le délai indicatif de réalisation est de 8 à 10 semaines à compter de la réception d’un échantillon conforme et de l’ensemble des documents nécessaires à l’analyse.
La demande d’analyse doit être accompagnée des informations cliniques nécessaires, du consentement signé et, le cas échéant, des documents requis pour la prise en charge de l’examen.
Analyse de ségrégation familiale
Lorsque l’interprétation d’un variant identifié chez le patient le nécessite, une analyse ciblée peut être réalisée chez certains membres de la famille.
L’étude des parents ou d’autres apparentés peut permettre de déterminer si un variant est transmis au sein de la famille et d’apporter des éléments supplémentaires pour évaluer son implication dans la pathologie observée.
Les modalités de réalisation et de prise en charge de ces analyses dépendent de la situation clinique et des conditions applicables.
Limitations
Le séquençage de l’exome ne permet pas de détecter l’ensemble des anomalies génétiques existantes. Certaines régions peuvent présenter une couverture insuffisante et certaines variations situées dans des régions non analysées, notamment des régions régulatrices ou certaines régions introniques, peuvent ne pas être identifiées.
L’analyse peut également présenter des limites pour la détection de certaines expansions de séquences répétées, notamment les répétitions de trinucléotides, ainsi que pour certaines variations structurales ou complexes.
Les translocations et certaines insertions, délétions ou duplications de grande taille peuvent nécessiter des méthodes complémentaires. De même, la détection de certains CNV, de variants situés dans des gènes présentant des pseudogènes fortement homologues ou de variants du génome mitochondrial peut nécessiter des analyses spécifiques.
Les variants présents en faible proportion dans les cellules peuvent également ne pas être détectés, en fonction de leur niveau de mosaïcisme et des performances de la méthode utilisée.
L’absence de variant identifié par cette analyse ne permet donc pas d’exclure définitivement une origine génétique de la maladie.
Statistiques de performance
Performances de détection des variants :
- SNV : sensibilité de 99,94 % et spécificité supérieure à 99,99 %.
- Indel : sensibilité de 96,99 % et spécificité supérieure à 99,99 %.
Données de couverture pour l’ensemble des gènes associés à un phénotype (CGD) :
- Couverture à 20x : 99,10 %.
- Couverture à 30x : 98,88 %.
- Couverture moyenne : 137,85x.